PRESIÓN POBLACIONAL: principalmente debida a la influencia del área urbana de Santander sobre la Bahía. Una alta densidad poblacional inevitablemente influye en el bienestar de los ecosistemas. Más gente implica, más residuos, más vertidos, más bañistas y usuarios de la bahía, etc

PRESIÓN DEL TURISMO: La presión del turismo va en aumento y todavía existe mucho desconocimiento por parte del turismo sobre las zonas protegidas y sensibles de la Bahía. Además, no hay que olvidar la creciente presión de las embarcaciones de recreo así como de la gran cantidad de las zonas de baño en la Bahía: Magdalena, Peligros y parte de la playa en la parte interior de la bocana de la bahía. Además, en la zona externa de la bocana y la zona costera próxima se ubican las playas de Mataleñas, 1ª Sardinero, 2ª Sardinero y Camello, en el municipio de Santander, y las playas del Puntal, Somo y Loredo en el municipio de Ribamontán al Mar.

CONTAMINACIÓN ACÚSTICA POR EMBARCACIONES: a falta de una normativa clara  y sin limitaciones legales al número de embarcaciones en muchas zonas de la bahía la contaminación acústica es una realidad, y particularmente grave en zonas de reproducción y cría de aves (p.ej. la Isla de Mouro y la ría del Cubas)


PRESIÓN URBANÍSTICA particularmente en el entorno costero de la Bahía, donde también la presión poblacional apoya la expansión de los núcleos poblacionales de la bahía. El principal problema sería que en algún tramo se pudiera recalificar para seguir creciendo urbanísticamente de forma masiva. No obstante, cabe señalar que los diferentes municipios han hecho un esfuerzo importante en sus planes de ordenación del territorio para delimitar los tramos de construcción.

PRESIÓN INDUSTRIAL: afecta principalmente a la zona del entorno costero de la bahía, donde se instalan multitud de industrias. La actividad industrial y minera de la zona, ha sido además uno de los grandes impulsores en la deforestación de la bahía así como del relleno de las zonas de marismas. La presión industrial es una realidad que precisa de un seguimiento y monitoreo constante. 
Algunos de los ejemplos de industrias que desarrollan su actividad en el entorno de la bahía y  que genera vertidos al medio estuárico son: Emgrisa (gestión de residuos industriales), Terquisa (productos químicos), Ferroatlántica (metalúrgica, actualmente han cesado los vertidos continuos), SIMSA (procesado de harinas y aceites de soja y girasol, actualmente inactiva), Santal S.A. (elaboración de granitos), (Fleischmann Iberica (productos refractarios) y Dynasol Elastómeros (química), además de los ligados a la actividad portuaria y los generados por los polígonos industriales de Raos, Heras y Guarnizo.

EXPANSIÓN ESPÉCIES INVASORAS: un problema real con el que desde diferentes asociaciones e instituciones ya han hecho campañas de sensibilización y erradicación en diferentes áreas de la Bahía. Lamentablemente, especies exóticas invasoras como el plumero (Cortaderiaselloana), la chilca (Baccharis halimifolia), la onagraria (ludvigiapeploides) acaban aprovechando todo el espacio, impidiendo que las especies locales, propias del lugar, puedan sobrevivir. 

VERTIDOS VARIOS:  Ya sean vertidos industriales, de  saneamiento, acuáticos difusos o por un accidente de un barco. Esta es una amenaza con la que convive la bahía. Por ello es necesario hacer seguimiento a la calidad del agua, sobre todo en las zonas más sensibles para identificar posibles vertidos ilegales, así como desarrollar mecanismos para reducir posibles accidentes en nuestras aguas de la bahía o en la proximidad.

UNA FUERTE ACTIVIDAD PORTUARIA: El puerto de Santander tiene una intensa actividad, principalmente de tráfico de mercancías. Donde en 2020 que se superaron las 5.8 Mn de toneladas a pesar de la pandemia (11% de descenso respecto a 2019). Este intenso tráfico viene asociado con mayores vertidos, riesgo de accidentes,  contaminación acústica, etc...

MARISQUEO INCONTROLADO: la zona de la Bahía es un lugar idóneo para el marisqueo, distinguiéndose tres áreas aptas para el marisqueo. Algunas especies que se pueden mariscar en la zona son Almeja babosa (Venerupis pullastra), Almeja fina (Ruditapes decussatus), Almeja dorada (Venerupis aureus), Almeja japonesa (Ruditapes philippinarum), Almejón (Callista chione), Berberecho, Ostra, Ostión (Crassostrea angulata),  Mejillón (Mytilus edulis) y Erizo de mar (Paracentrotus). .

MASIFICACIÓN DE LA ACTIVIDAD ACUÁTICA: provocada también por un aumento del turismo y el propio crecimiento poblacional. El aumento en las tasas de uso de la bahía conlleva a veces malas praxis, fondeos incontrolados, aumento de la contaminación acústica, molestias para la fauna que vive en la bahía, ...

DESCONOCIMIENTO GENERAL ZONAS VALOR ECOLÓGIO BAHÍA: a grandes rasgos hay una falta de conocimiento tanto de la población local como del turismo sobre las áreas incorporadas en la Red Natura 2000 o áreas que merecen una protección especial por sus características. Esta falta de conocimiento lleva en algunos casos a actividades irresponsables y dañinas para el ecosistema de la bahía.